中科院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾課題組新近創(chuàng)立了一種技術(shù)方法，可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。相關(guān)研究成果日前在線發(fā)表于《自然-實驗室指南》。
無論是體內(nèi)組織還是體外細胞系，不同細胞之間都存在著差異性，即細胞的異質(zhì)性。細胞的異質(zhì)性對解釋腫瘤的發(fā)生、干細胞或前體細胞的多能性與譜系分化、干細胞與微環(huán)境的相互作用等具有重要意義。近些年，單細胞測序技術(shù)迅速發(fā)展，使得研究細胞之間的異質(zhì)性成為可能。然而，目前單細胞測序的方法均會丟失細胞在體內(nèi)原有的位置信息，而對某些研究領(lǐng)域如發(fā)育生物學、腫瘤生物學而言，細胞來源的位置信息是十分關(guān)鍵的。
在景乃禾和彭廣敦的指導下，陳軍通過整合與優(yōu)化單細胞測序和激光顯微切割技術(shù)，構(gòu)建了一種能夠獲得少量細胞轉(zhuǎn)錄組信息，同時保留細胞原有位置信息的測序方法：Geo-seq。
Geo-seq是一種高效、高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組分析方案，既可用于轉(zhuǎn)錄圖譜的三維重建，也可用于研究具有特殊結(jié)構(gòu)的少量組織或細胞的轉(zhuǎn)錄組信息。利用Geo-seq技術(shù)，該課題組繪制了小鼠早期胚胎原腸運動中期精細的三維分子圖譜，并揭示了小鼠細胞譜系藍圖建立過程中的空間轉(zhuǎn)錄組特征、轉(zhuǎn)錄因子和信號通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
據(jù)悉，Geo-seq技術(shù)已成功應(yīng)用于小鼠大腦發(fā)育、肝臟腫瘤學以及人的精子發(fā)育等研究中。
無論是體內(nèi)組織還是體外細胞系，不同細胞之間都存在著差異性，即細胞的異質(zhì)性。細胞的異質(zhì)性對解釋腫瘤的發(fā)生、干細胞或前體細胞的多能性與譜系分化、干細胞與微環(huán)境的相互作用等具有重要意義。近些年，單細胞測序技術(shù)迅速發(fā)展，使得研究細胞之間的異質(zhì)性成為可能。然而，目前單細胞測序的方法均會丟失細胞在體內(nèi)原有的位置信息，而對某些研究領(lǐng)域如發(fā)育生物學、腫瘤生物學而言，細胞來源的位置信息是十分關(guān)鍵的。
在景乃禾和彭廣敦的指導下，陳軍通過整合與優(yōu)化單細胞測序和激光顯微切割技術(shù)，構(gòu)建了一種能夠獲得少量細胞轉(zhuǎn)錄組信息，同時保留細胞原有位置信息的測序方法：Geo-seq。
Geo-seq是一種高效、高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組分析方案，既可用于轉(zhuǎn)錄圖譜的三維重建，也可用于研究具有特殊結(jié)構(gòu)的少量組織或細胞的轉(zhuǎn)錄組信息。利用Geo-seq技術(shù)，該課題組繪制了小鼠早期胚胎原腸運動中期精細的三維分子圖譜，并揭示了小鼠細胞譜系藍圖建立過程中的空間轉(zhuǎn)錄組特征、轉(zhuǎn)錄因子和信號通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
據(jù)悉，Geo-seq技術(shù)已成功應(yīng)用于小鼠大腦發(fā)育、肝臟腫瘤學以及人的精子發(fā)育等研究中。
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